PT Lintas Timur Sejahtera adalah perusahaan yang bergerak dalam pelayanan jasa pelayaran dan transportasi. ISO 28000 merupakan suatu standar yang dikembangkan untuk menjawab tuntutan dari kalangan industri atas dibutuhkannya penanganan mengenai standar manajemen keamanan. Keamanan merupakan suatu hal yang penting bagi perusahaan. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan rancangan sistem manajemen keamanan rantai pasokan pada perusahaan PT Lintas Timur Sejahtera. Tahapan yang dilakukan dalam perancangan ini adalah pembuatan kebijakan keamanan, sasaran keamanan dan rancangan analisis risiko dengan menggunakan failure mode and effect analysis (FMEA). 39 analisis risiko FMEA dari seluruh departemen pada perusahaan, terdapat 18 yang memiliki risiko tinggi dan dalam penelitian ini telah dirancang penanggulangannya.