Klenteng Boen Bio awalnya dikenal sebagai Boen Tjiang Soe, yang memiliki makna mewarisi dan menggemilangkan kesusastraan. Dibangun pada tahun 1883 atas usulan Go Tiek Lie dan Co Toe Siong, klenteng ini tercatat sebagai salah satu cagar budaya sejak tahun 2012. Pada awalnya, mereka kesulitan mencari tempat ibadah bagi komunitas Tionghoa, sehingga atas bantuan Majoe The Boen, klenteng ini didirikan di daerah pemukiman Kapasan dalam.
Bangunan klenteng awalnya terletak di belakang lokasi sekarang. Namun, karena sulitnya akses masuk, pada tahun 1906 klenteng ini dipindahkan ke lokasi yang lebih strategis, tepatnya di Jalan Kapasan. Gotik Lie dan Lo Toen Siong menyumbangkan sejumlah uang untuk pembangunan, dan arsitektur diimpor langsung dari Tiongkok. Klenteng Boen Bio mencakup tiga gaya arsitektur, yaitu Belanda, Tiongkok, dan Jawa.
Gaya Belanda tercermin pada ubin klenteng yang menggunakan ubin kuno dengan ukiran khas Belanda. Arsitektur Jawa dapat dilihat pada gebyok yang dipasang di altar klenteng, sementara gaya Tiongkok tercermin dalam kaligrafi yang ada di dalamnya. Pembangunan klenteng selesai pada tahun
1907 dan diresmikan dengan nama Boen Bio, yang berarti kuil para terpelajar.
Meskipun telah berdiri selama puluhan tahun, bangunan tersebut masih terjaga dengan baik dan dirawat oleh para pengurus klenteng. Pilar-pilar dengan ukiran naga sebagai simbol berkah dan anugerah menjadi doa dan harapan agar klenteng ini membawa kebaikan bagi semua orang (“Klenteng Boen Bio Surabaya, peninggalan Belanda dengan 3 arsitektur kuno,ˮ 2023